この記事は，Open and Reproducible Science Advent Calendar 2021の２５日目の記事です。 アドベントカレンダーの最終日なので，ちょっとでかい話でも書こうかなと思って，「心理学における形式理論，データ，モデルについて」というちょと自分の力量を見誤…
この記事は，JASP Advent Calendar 2021 - Adventarの２２日目の記事です。 心理学では因子分析を行うことが多いので，探索的因子分析を実行してみたいというのがあるかもしれません。以下の動画では，JASPで探索的因子分析を出す方法を説明しています。簡単…
この記事は，JASP Advent Calendar 2021 - Adventarの１５日目の記事です。 どのような統計解析をするにも記述統計は必須かと思います。以下の動画では，JASPで記述統計を出す方法を説明しています。 www.youtube.com Enjoy!
この記事は，JASP Advent Calendar 2021 - Adventarの８日目の記事です。 JASPには，ベースのモジュール（記述統計，t検定など）が最初から表示されていますが，右上の追加ボタンから追加モジュールを追加できます。以下の動画ではその追加モジュールの追加…
この記事は，JASP Advent Calendar 2021 - Adventarの5日目の記事です。 JASPを試しに使ってみる場合や統計学の学習をする場合などは，何かデータがある方が便利です。JASPには，最初から各種解析で使えるデータがデータライブラリーとして用意されています…
この記事は，JASP Advent Calendar 2021 - Adventarの3日目の記事です。 このアドベントカレンダーはJASPのカレンダーですので，とりあえずJASPをインストールしましょう！ 1日目はMacでのインストール方法でしたので，今回はWindows10でのインストール方法…
この記事は，JASP Advent Calendar 2021 - Adventarの1日目の記事です。 このアドベントカレンダーはJASPのカレンダーですので，とりあえずJASPをインストールしましょう！ 以下は，MacにJASPをいれる動画になります。本当にただインストールするだけの動画…
本記事は，Open and Reproducible Science Advent Calendar 2021 - Adventar1日目の記事です。 2019年11月11日から，日本でオープンサイエンスや再現可能性に関してオンラインで情報共有をするJapanese Community for Open and Reproducible Science (JCORS)…
Rocker便利ですよね。簡単かつすぐにRstudioと必要なRパッケージが準備できます（ダウンロード時間がかかるくらい）。Rockerの詳細は，以下を参照ください。 ykunisato.github.io さて，RockerでのRStudio利用はとても便利なのですが，GitHubを二段階認証し…
こちらは，ベイズ塾 Advent Calendar 2020 - Adventar24日目の記事です。 2020年度は，研究室でGoogle Compute Engine上にRStudioサーバーをおいて卒論などを書いてみました。その感想を書きます。この記事はGCE上でRStudioサーバーを使ってみた感想を書きま…
本記事は，Open and Reproducible Science Advent Calendar 2020 - Adventar24日目の記事です。そろそろアドベントも終わりということで少しまとめとして，2020年の日本での再現可能性関連発表をまとめていきたいと思います。 英語もいれると膨大になるので…
これは，Open and Reproducible Science Advent Calendar 2020 - Adventar１９日目の記事です。 今年は，日本心理学会第84回大会で，竹林由武さんと一緒にチュートリアル・ワークショップ今日からできる再現可能な論文執筆を行いました。それにあたって，『…
これは，Open and Reproducible Science Advent Calendar 2020 - Adventar１８日目の記事です。 今年は，日本心理学会第84回大会で，竹林由武さんと一緒にチュートリアル・ワークショップ今日からできる再現可能な論文執筆を行いました。それにあたって，『…
これは，Open and Reproducible Science Advent Calendar 2020 - Adventar１７日目の記事です。 今年は，日本心理学会第84回大会で，竹林由武さんとチュートリアル・ワークショップ今日からできる再現可能な論文執筆を行いました。それにあたって，『心理学…
この記事は，ベイズ塾 Advent Calendar 2020 - Adventar１４日目の記事です。 R Markdownって本当に便利ですよね。Rコード，結果，文章を統合してHTMLやPDFに出力してくれます。コピペすることで生じるミスもなくなります。ベイズ塾では，@kazutanの影響もあ…
こちらは，Stan Advent Calendar 2020 - Qiita１３日目の記事です。もう，StanのアドベントではDockerのこと以外を書かないという強い意志をもって，今年も書きます。 Dockerの概要については，以下の記事を参照ください。再現性高く解析環境を素早く用意で…
この記事は，ベイズ塾 Advent Calendar 2020 - AdventarとOpen and Reproducible Science Advent Calendar 2020 - Adventarの１２日目の記事です。 この数年，Rで解析をしていて，繰り返し使いそうなものは関数化したり，さらに他の人に使ってもらう場合は，…
これは，Open and Reproducible Science Advent Calendar 2020 - Adventar９日目の記事です。竹林由武さんと一緒に，日本心理学会第84回大会において，チュートリアル・ワークショップ「今日からできる再現可能な論文執筆」を行ってきました。以下は，当日の…
これは，Open and Reproducible Science Advent Calendar 2020 - Adventar７日目の記事です。 2020年1月24日に第25回計算論的精神医学コロキウム（CPSYコロキウム）にて「再現可能性入門と最近の動向」という発表を行いました。スライドは以下になります。結…
この記事は，Open and Reproducible Science Advent Calendar 2019の23日目の記事です。 Open and Reproducible Science Advent Calendar 2019では，オープンサイエンスにまつわる様々な話題を扱ってきました。オープンサイエンスに限らず，何か新しいことが…
この記事は，Open and Reproducible Science Advent Calendar 2019の8日目の記事です。 事前登録はよくても不必要？ 2019年の11月初めに，Aba SzollosiらのPreregistration is redundant, at bestというタイトルのプレプリントが出ました*1。事前登録は良く…
この記事は，Open and Reproducible Science Advent Calendar 2019の6日目の記事です。 研究で使用したデータや解析コードが公開されることが今後増えていくことかと思いますが，研究者が解析したそのままで公開すると第三者にはわかりにくいものになるかも…
この記事は，Open and Reproducible Science Advent Calendar 2019の5日目の記事です。 データ解析の再現可能性を高めるためには，生データから最終的に論文で報告されている結果までの処理過程を再現可能にした上で公開する必要があります。今回は，その方…
この記事は，Open and Reproducible Science Advent Calendar 2019の4日目の記事です。 ヨハネの黙示録では四騎士は，疫病，戦争，飢饉，死ですが・・・*1 Dan Quintanaによると，心理学黙示録では，再現可能性，一般化可能性，理論，測定だそうです。再現性…
この記事は，Stan Advent Calendar 2019２日目の記事です。 昨年もDockerで記事を書いたのですが，実は思ったよりDockerは活用されてないぞと思うことが何度かありました。そこで，今年もDockerについて書きます。 今年は，MacOSのCatalinaがリリースされま…
この記事は，Open and Reproducible Science Advent Calendar 2019の1日目の記事です。 2019年11月11日から，日本でオープンサイエンスや再現可能性に関してオンラインで情報共有をするJapanese Community for Open and Reproducible Science (JCORS)をはじ…
図の作成にあたってはInkscapeを使うのですが，macOSのMojaveにアップグレードしてから，うまくインストールor起動ができなくなりました。ここで頑張るのも面倒なので，InkscapeもDockerで運用したいと思って少し調べてみました。 すでに，InkscapeのDocker…
ゼミで作成している論集の組版作業にOverleafを導入してみました。昨年までは，各自でLaTeX環境を用意するようにしていましたが，学生の反応としては，Overleafの方が導入の負担が軽そうです。また，環境ごと共有できるので，困った時の対応もできるのがとて…
LaTeXをすごく使うわけではないですが，RmarkdownやGoogle slideへの数式の挿入ではしばしば使います。LaTeXの記法を覚えるほど慣れてはないので，教科書や論文の数式を入力する時は，ググりながらで時間がかかっていました。 以下のmathpixを使うと，画面上…
最近，結構分量の多い実験プロトコルをWordで書いていて，段々とイライラすることがありました。プロトコルだと，どうしても箇条書きにしたりしたいし，色々と見やすいようにもしたいのですが，それをWordで頑張りすぎるとなんだか収集がつかなくなります。…
